1980-ական թթ․ վերջին, ոգեշնչված ԽՍՀՄ-ում արմատական փոփոխություններ ենթադրող «վերակառուցման» քաղաքականության հռչակմամբ, կրկին բարձրացավ 1920-ական թթ․ ի վեր լռեցված Ղարաբաղյան հիմնախնդիրը: ԽՍՀՄ գոյության 70 տարիների ընթացքում Ադրբեջանի իշխանությունները կանխամտածված իրականացնում էին հակահայկական քաղաքականություն՝ նպատակ ունենալով Լեռնային Ղարաբաղի Ինքնավար Մարզը Նախիջևանի Ինքնավար Հանրապետության օրինակով ամբողջությամբ հայաթափել ու ադրբեջանցիներով վերաբնակեցնել։ Ուստի պատահական չէր, որ Լեռնային Ղարաբաղում 1926-1979 թթ. ընթացքում հայերի թվաքանակը 111,7 հազարից հասավ միայն 123,1 հազարի (աճել էր ընդամենը 10,2 %-ով), իսկ ադրբեջանցիներինը՝ 12,6 հազարից 37,2 հազարի (ավելացել էր գրեթե 3 անգամ)։ Ժողովրդագրական իրավիճակի պատճառներից էին կուտակված սոցիալ-տնտեսական հիմնախնդիրները, որոնք բացառապես լուծվում էին Ադրբեջանի իշխանությունների հակահայկական քաղաքականության նպատակների իրականացման դիրքերից:

Գորբաչովյան վերակառուցում թվում էր, թե կարող է հնարավորություն ստեղծել Լեռնային Ղարաբաղում տասնամյակներով չլուծված խնդիրներին լուծումներ տալու համար։ 1988 թ. փետրվարի 13-ին Ստեփանակերտում կայացավ առաջին զանգվածային հանրահավաքը՝ ուղղված ադրբեջանական բռնատիրության դեմ: Հազարավոր արցախցիներ ԼՂԻՄ-ի ղեկավարությունից պահանջում էին Հայաստանի հետ վերամիավորվելու մասին որոշում ընդունել: 1988 թ. փետրվարի 20-ին Լեռնային Ղարաբաղի Ինքնավար Մարզի ժողովրդական պատգամավորների մարզխորհրդի 20-րդ գումարման արտահերթ նստաշրջանը ուժերի մեծ լարումով ԽՍՀՄ սահմանադրությանը համապատասխան որոշում ընդունեց՝ դիմել Ադրբեջանական ԽՍՀ, Հայկական ԽՍՀ և ԽՍՀՄ Գերագույն խորհուրդներին՝ ԼՂԻՄ-ը Ադրբեջանի կազմից դուրս բերելու և Հայաստանի կազմի մեջ ընդգրկելու մասին։  Փետրվարի 21-ից Հայաստանում արցախահայության հետ համերաշխության զանգվածային ելույթների մեծ ալիք սկսվեց:

Խորհրդային կենտրոնը, չնայած իր հռչակած «վերակառուցում», «հրապարակայնություն», «ժողովրդավարություն» կարգախոսներին, ի սկզբանե Ղարաբաղյան շարժման նկատմամբ բացասական դիրք գրավեց, քանի որ երկրի ներսում ազգերի ինքնորոշման իրավունքի իրականացումը լուրջ վտանգ էր սպառնում կոմունիստական կայսրության տիրապետությանը: Խորհրդային իշխանության և առավելապես ադրբեջանի իշխանությունների ջանքերով արցախահայության արդարացի և իրավական պահանջը բնորոշվեց որպես «ծայրահեղական ու ազգայնամոլական»։

Շարժման ծավալման հենց սկզբից ադրբեջանական իշխանությունները որդեգրեցին խնդիրը բռնությամբ և սպառնալիքով լուծելու ճանապարհը։ 1988 թ. փետրվարի 22-ին Աղդամում տեղի ունեցած ցույցից հետո տարբեր տվյալներով 2-3 հազար երիտասարդներից կազմված ադրբեջանցիների ամբոխը շարժվեց դեպի ԼՂԻՄ տարածքում գտնվող հայկական Ասկերան ավանը: Ամբոխը ճանապարհին ոչնչացնում էր եղած ամեն ինչ և կանգնեցվեց միայն Ասկերանի մերձակայքում ոստիկանության միջամտության շնորհիվ: Բախումների արդյունքում վիրավորվեց մի քանի տասնյակ հայ, սպանվեց 2 ադրբեջանցի: Ադրբեջանցիների իսկ վկայությունների համաձայն՝ սպանված ադրբեջանցիներից առնվազն մեկի վրա կրակել է ադրբեջանցի ոստիկան։

Դրանից հետո Ադրբեջանական իշխանությունները դիմեցին առավել կոպիտ քայլերի՝ հակահայկականությանը տալով համակարգային բնույթ և այն ֆիզիկական բնաջնջման տեսքով գործարկելով Ադրբեջանի տարբեր շրջաններում բնակվող հայության նկատմամբ։

1988 թ. փետրվարի 26-ին Սումգայիթում տեղի ունեցավ Ադրբեջանի Կոմկուսի քաղաքային կոմիտեի կողմից կազմակերպված հանրահավաք, որը վարում էր քաղկոմի երկրորդ քարտուղար Մելեք Բայրամովան։ Հակահայկական կարգախոսների ներքո ընթացած հանրահավաքը շարունակվեց նաև հաջորդ օրը: Ելույթ ունեցողները, որոնց թվում կային քաղաքում հայտնի մարդիկ, կոչ էին անում պատժել հայերին և պահանջում խիստ միջոցներ ձեռնարկել. «սպանել ու վտարել նրանց Սումգայիթից, և, առհասարակ, Ադրբեջանից»: Գրեթե յուրաքանչյուր ելույթից հետո հնչում էր «Մա՛հ հայերին» կոչը:

Փետրվարի 27-29 Ադրբեջանի Սումգայիթ քաղաքում կազմակերպվեց հայ բնակչության կոտորած, որն ուղեկցվում էր սպանություններով,  ջարդերով, կողոպուտով: Սումգայիթի ջարդերի նախօրեին քաղաքում համակարգված եղանակով տարածվել են կեղծ տեղեկություններ հայերի կողմից ադրբեջանցիների՝ առանձին դաժանությամբ սպանությունների մասին, կազմվել են հայերի բնակության ցուցակներ, պատրաստվել և բաժանվել են հանցագործությունների գործիքները։ Բազմաթիվ վկայություններ կան իրավապահ մարմինների կողմից ջարդարարներին հրահրելու և օժանդակելու վերաբերյալ: Սումգայիթի հայերից շատերը վկայում են նաև իրենց բնակարաններում հեռախոսների անջատման, ջարդարարների մոտ բնակշահագործման գրասենյակի կողմից կազմված հայերի բնակարանների ցուցակների առկայության, քաղաքային կառույցների, իրավապահ մարմինների և բժշկական հաստատությունների կողմից աջակցություն ցուցաբերելուց հրաժարվելու մասին։ Փետրվարի 28-ին ավելի մեծ թվով ջարդարարներ, չհանդիպելով հայ բնակչության նկատմամբ ապօրինությունների հանդեպ իշխանությունների հակազդեցությանը, դուրս եկան փողոց: Նրանցից շատերն արդեն զինված էին հատուկ սրածայր մետաղյա ձողերով, կացիններով, մուրճերով և ինքնաշեն այլ միջոցներով: Բաժանվելով մի քանի տասնյակ հոգուց բաղկացած խմբերի՝ ջարդարարները ներխուժում էին նախապես նշանառված հայկական բնակարանները: Մարդկանց սպանում էին իրենց իսկ տներում, թեպետ ավելի հաճախ դուրս էին հանում փողոց կամ բակ՝ հրապարակային ծաղրուծանակի ենթարկելու համար:

Սումգայիթի հայերի ջարդերն իրագործվել են ազգային ատելության շարժառիթով։ Քրեական գործերով վարույթ իրականացրած մարմինները ևս կասկածի տակ չեն դրել այդ հանգամանքը, ինչը հավաստվում է հասանելի դատավարական փաստաթղթերով։ Միայն փետրվարի 28-ի երեկոյան՝ հակահայկական հիստերիայի, ջարդերի և սպանությունների սկզբից գրեթե երկու օր անց, բանակային ստորաբաժանումներ մտցվեցին Սումգայիթ, սակայն նրանք քաղաքը հսկողության տակ առան ոչ միանգամից, քանի որ բռնարարների հանդեպ ուժ և զենք գործադրելու հրաման չէին ստացել: Հայերի սպանություններն ու ջարդերը շարունակվում էին:

Արդեն ջարդերի ընթացքում Սումգայիթի միլիցիան դրսևորել է հանցավոր անգործություն, որոշ պաշտոնյաներ աչքի են ընկել իրենց սադրիչ վարքագծով, հայերի սպանությունները հիմնականում իրագործվել են հանրային վայրերում ու առանձին դաժանությամբ, ջարդարարների կողմից վերահսկվել են քաղաքի ճանապարհները, տեղի են ունեցել քաղաքի հեռախոսակապի անջատումներ, իսկ ջարդերից անմիջապես հետո անհապաղ վերացվել ու կոծկվել են հանցագործությունների հետքերը։

Սումգայիթում սպանված հայերի վերաբերյալ չկա արժանահավատ վիճակագրություն։ Ըստ պաշտոնական աղբյուրների՝ Սումգայիթում առանձին դաժանությամբ սպանվել է ազգությամբ հայ 26 քաղաքացի։ Չնայած դրան՝ առկա են հիմնավոր կասկածներ, որ երեք օրվա ընթացքում սպանված հայերի թիվը գերազանցել է հարյուրը։ Սումգայիթի կոտորածի վերաբերյալ ճշմարտությունը լռության մատնելը, դրա չափերն ու իրական պատճառները թաքցնելը և իսկական կազմակերպիչներին անպատիժ թողնելն ուղի հարթեցին Ադրբեջանի ողջ տարածքով էթնիկ զտումների իրականացման համար, որոնց գագաթնակետը դարձան 1990 թ. հունվարին Բաքվի հայերի արյունոտ սպանդն ու տեղահանությունը։

Սումգայիթին հաջորդեցին Գանձակի և Բաքվի հայ բնակչության նկատմամբ բռնությունները։ Գանձակի ջարդերի նախօրեին բնակչության ընդհանուր թիվը կազմում էր մոտ 280 հազար, որից՝ 40-45 հազարը ազգությամբ հայերն էին։ Քաղաքի հայկական թաղամասում համատարած անջատվել են գազը, էլեկտրաէներգիան, ջրամատակարարումը։ Գանձակում 1988 թ. նոյեմբերի 21-ից 26-ն ընկած ժամանակահատվածում տեղի ունեցածի կապակցությամբ ստացվել է հանցագործության մասին 1,628 հաղորդում, որոնցից՝ 1,141-ը բնակարանների ու տների ավերումների մասին։ Ջարդերից ամիսներ անց՝ 1989 թ. ապրիլին, հաստատվել է Կիրովաբադի Քյափազի հաշմանդամների տնից ազգությամբ հայ 12 հաշմանդամ անձանց սպանության և վերջիններիս թաղելու մասին փաստը։ Ջարդերի նպատակը եղել է ազգությամբ հայերի սպանությունը և բռնագաղթը։ Կիրովաբադի հայերի ջարդերի հետևանքներից, թերևս, ամենացավալին հանդիսացել է քաղաքի և դրա հարակից բնակավայրերի ամբողջական հայաթափումը, ինչպես նաև Ադրբեջանի մի շարք այլ քաղաքներից հայերի աննախադեպ ծավալների հասնող արտագաղթը։

Բաքվում հայ բնակչության հետապնդումները մեկնարկել են դեռևս 1988 թ. փետրվարին։ Արդեն 1988 թ. նոյեմբեր-դեկտեմբեր ամիսներին հայերի դեմ տարվող քաղաքականությունը մայրաքաղաքում ստացավ նոր թափ։ Հայերին ապօրինաբար ազատում էին աշխատանքից, բռնի կերպով վտարում բնակարաններից և տներից։ 1989 թ. ավարտին Բաքվի բնակշահագործման գրասենյակների աշխատակիցներն սկսել էին կազմել հայերի ցուցակներ։ 1989 թ. դեկտեմբերի 25-ին ոստիկանների անգործության պայմաններում դիտավորությամբ այրվեց Բաքվի հայկական Սբ. Գրիգոր Լուսավորիչ եկեղեցին։ 1990 թ. հունվարին Բաքվում 250 հազարանոց հայկական բնակչությունից մնացել էր շուրջ 35-40 հազար հայ: Դրանք մեծ մասամբ տարեցներ, միայնակ, հիվանդ կամ անապահով մարդիկ էին, ովքեր չէին կամենում կամ պարզապես չէին կարող հեռանալ, ինչպես նաև նրանց լքել չցանկացած մերձավորները։ Հունվարի 11-ին Բաքվում Ադրբեջանի ազգային ճակատի (ԱԱՃ) կողմից կազմակերպված հանրահավաքի ընթացքում Բաքվից հայերի վտարման և դեպի Ղարաբաղ լայնածավալ զինված արշավի կոչեր հնչեցին: Հունվարի 13-ին Բաքվում հայերի ջարդերն արդեն կազմակերպված և համատարած բնույթ ստացան։ Նույն օրը երեկոյան մոտ 50 հազարանոց ամբոխը, վանկարկելով «Փա՛ռք Սումգայիթի հերոսներին», «Կեցցե՛ Բաքուն՝ առանց հայերի» կարգախոսները, հավաքվեց Լենինի հրապարակում՝ հանրահավաքի: Այնուհետև, ԱԱՃ ակտիվիստների ղեկավարությամբ խմբերի բաժանվելով, ջարդարարները սկսեցին հետևողական կերպով տուն առ տուն քաղաքը «մաքրել» հայերից: Առկա են բազմաթիվ վկայություններ՝ բացառիկ դաժանությամբ իրագործված վայրագությունների ու սպանությունների մասին։ Նրանք, ում հաջողվեց խուսափել մահից, ենթարկվեցին բռնի տեղահանության: Հազարավոր հայեր լաստանավով տեղափոխվում էին Կասպից ծովով արևելք՝ Թուրքմենական ԽՍՀ Կրասնովոդսկ քաղաքի նավահանգիստ, այնտեղից էլ ինքնաթիռներով՝ Հայաստան և Ռուսաստան: Կազմակերպված ջարդերը նույն տեմպերով շարունակվել են մեկ շաբաթ՝ մինչև հունվարի 19-ը։ Հունվարի 20-ից Բաքվում սահմանվեց արտակարգ դրություն՝ իշխանության զավթում թույլ չտալու հիմնավորմամբ։

Ինչպես Սումգայիթի և Կիրովաբադի պարագայում, Բաքվում ևս հայերի ջարդերի ընթացքում իրավապահ մարմինները դրսևորել են անգործություն, իսկ երբեմն նաև մասնակցել են հանցագործությունների իրագործմանը, իշխանությունները պատշաճ չեն իրականացնել իրենց գործառույթները, քաղաքում գործել են ջարդարարների կազմակերպված խմբեր։ Բաքվի հայ փախստականների վկայությունների համաձայն՝ ջարդարարների գործողությունների սխեման նույնն էր: Սկզբում բնակարան էր ներխուժում 10-20 հոգանոց խումբ և սկսում ծեծի ենթարկել: Այնուհետև հայտնվում էր Ազգային ճակատի ներկայացուցիչը, որպես կանոն, բնակարանի փոխանակման կամ, իբր, վաճառքի մասին արդեն պատշաճ կերպով ձևակերպված փաստաթղթերով, որից հետո տանտերերին առաջարկվում էր անհապաղ լքել բնակարանը և ուղևորվել նավահանգիստ: Մարդկանց հիմնականում թույլատրում էին վերցնել անձնական իրերը, սակայն, միևնույն ժամանակ, խլում էին փողը, թանկարժեք իրերը, խնայողական գրքույկները: Նավահանգստում գործում էին ԱԱՃ պահակախմբերը, ովքեր խուզարկում էին փախստականներին, երբեմն կրկին ծեծի ենթարկում, որից հետո արտաքսում: Զոհերի քանակով, տևողությամբ և չափերով Բաքվի հայկական ջարդերը գերազանցեցին Սումգայիթի հայերի կոտորածը:

Ակնհայտ է, որ Բաքվի հայերի ջարդերի նախապատրաստությունը 1991 թ. հունվարի 13-ից շատ ավելի վաղ էր սկսվել, ինչի մասին է վկայում այն փաստը, որ ջարդարարներն իրենց ձեռքի տակ ունեին քաղաքում մնացած հայերի կոմպակտ բնակության վայրերի նշումներով մանրամասն քարտեզներ՝ ըստ շրջանների և թաղամասերի։ Հունվարի 18-ին Բաքվի հայկական ջարդերի և Շահումյանի շրջանի հայկական գյուղերի ու Գետաշենի վրա հարձակումների կապակցությամբ Եվրախորհրդարանն ընդունեց «Հայաստանում իրավիճակի մասին» բանաձևը, որը կոչ էր անում ԽՍՀՄ իշխանություններին ապահովել Ադրբեջանում ապրող հայերի գործուն պաշտպանությունը՝ իրավիճակին միջամտելու համար զորք մտցնելու միջոցով:

1990 թ. հուլիսի 27-ին «New York Times»-ում բաց նամակ հրապարակվեց՝ ուղղված միջազգային հանրությանը, որը ստորագրվել էր Եվրոպայի, Կանադայի և ԱՄՆ-ի 133 նշանավոր գիտնականների և իրավապաշտպանների կողմից, ովքեր բողոքի ձայն էին բարձրացնում Բաքվում հայերի սպանությունների ու ջարդերի դեմ: Նամակում, մասնավորապես, նշվում էր, որ «հայկական փոքրամասնության դեմ իրականացված ոճրագործությունները Խորհրդային Ադրբեջանում դարձել են հետևողական պրակտիկա, եթե ոչ՝ պաշտոնական քաղաքականություն։

1988-1992թթ. Ադրբեջանից բռնի տեղահանվել է ավելի քան կես միլիոն հայ, որից 360.000-ը ապաստան են գտել Հայաստանի Հանրապետությունում: