Նախիջևան տեղանվան հայերեն գրավոր հնագույն հիշատակություններն առկա են պատմահայր Մովսես Խորենացու և Փավստոս Բուզանդի երկերում։ Հայ իրականության մեջ Նախիջևան քաղաքի անունը կապվում է Աստվածաշնչում հիշատակված համաշխարհային ջրհեղեղի հետ և համարվում է Հայաստանի հնագույն բնակավայրը, որը հիմնադրել է Նոյ նահապետը։ Ըստ ավանդության՝ Նոյը Արարատ լեռան գագաթից իջել է փոքր Մասիսին մերձակա հարթավայրը և իջևանել մի վայրում, որը հետագայում կոչվել է Նախիջևան («առաջին՝ նախնական իջևան»)։ Այս ավանդությունը գոյություն է ունեցել ոչ միայն հայերիս, այլև մեր հարևան ժողովուրդների մեջ, օրինակ՝ ազգությամբ հրեա հունահռոմեական պատմիչ Հովսեպոս Փլավիոսը (Հովսեփ Բեն Մաթաֆիա) դեռևս Ք. հ. 1-ին դարում իր «Հրեական հնախոսություն» երկում հիշատակել է ոչ միայն ավանդությունը, այլև Նախիջևան տեղանվան հունարեն ձևը՝ Αποβατήριον (Ապովատերիոն բառացի՝ «իջևան»)։

Օտար պատմագիրներն իրենց երկերում Նախիջևանը հիշատակել են հայերեն անվանումից ածանցյալ տարբերակներով՝ հունարեն Նաքսուանա, արաբերեն՝ Նեշևի, Նեշուի, պարսկերեն՝ Նախուա, Նաշուա, Նախջևան, Նաղշիջահան։ Այս բոլոր անվանումների հիմքում հայկական Նախիջևան բառաձևն է։

Նախիջևանը պատմականորեն եղել է Մեծ Հայքի Վասպուրական աշխարհի գավառներից մեկը, որը աշխարհագրորեն տեղակայված էր նահանգի հյուսիսում։ Նախիջևանում ավանդաբար իշխել են Վասպուրականի Արծրունյաց իշխանական տան ներկայացուցիչները։ 10-րդ դարում Նախիջևանի շուրջ վեճ է ծագել Արծրունյանց և Սյունյաց իշխանական տների միջև, որը սկիզբ է դրել 10-րդ դարի սկզբին Բագրատունյանց Հայաստանում պատմա-քաղաքական բուռն իրադարձություններին։

XVII դ. սկզբներին Նախիջևանի երկրամասը էթնիկ տեսանկյունից Հայաստանի միատարր կազմ ունեցող շրջաններից էր, որտեղ բնակչության ճնշող մեծամասնությունն հայեր էին։ Վերոհիշյալի մասին ուշագրավ տեղեկություններ է հաղորդում XVII դարի վերջի եվրոպացի ճանապարհորդ, միսիոներ Վիլլոտը, համաձայն որի Նախիջևանն, ըստ տեղաբնիկների հաղորդման, նախկինում ուներ 40 հազար ծուխ բնակչություն։ 1605 թ. շահ Աբբաս I-ը (1587-1629 թթ.) իր կազմակերպած բռնագաղթով, Նախիջևանի երկրամասից տեղահանեց և Պարսկաստանի խորքերն ուղարկվեց ավելի քան 150 հազար հայ։ Առաքել Դավրիժեցու վկայությամբ, շահ Աբբաս I-ը դեռ վաղուց էր մտադրվել հայ բնակչությանը տեղահանել ու գաղթեցնել Պարսկաստան «և զոր ի վաղ ժամանակաց ունէր ի մտի զքշելն ազգին քրիստոնէից՝ և զաւերելն աշխարհն Հայոց՝ անդ յայտնեաց խորհրդակցաց իւրոց»։

Շահ Աբբասի կազմակերպած բռնագաղթը մեծ հարված հասցրեց երկրամասում հայ բնակչության տեսակարար կշռին, թեև հետագայում հայությունը աստիճանաբար հնարավորություն ստացավ վերադառնալու, սակայն բռնագաղթի ժամանակ իրականացված ավերումները հավելյալ խոչընդոտներ էին ստեղծում բնակչության վերադարձի համար։

18-րդ դարի երկրորդ քառորդին պարսից շահ Նադիրը ստեղծեց Նախիջևանի խանությունը։

1826-1828 թվականների ռուս-պարսկական պատերազմի արդյունքում Նախիջևանի խանությունը Երևանի խանության և Օրդուբադի շրջանի հետ միացվել է Ռուսական կայսրությանը՝ որպես մեկ վարչատարածքային միավոր՝ Հայկական մարզ՝ Երևան կենտրոնով։ Հայկական մարզի լուծարումից հետո ձևավորվել է Նախիջևանի գավառը՝ Երևանի նահանգի կազմում։

Հայերը 19-րդ դարում կազմել են Նախիջևանի բնակչության շուրջ կեսը, իսկ մնացածները եղել են թաթարներ, թուրքեր, քրդեր և պարսիկներ, որոշակի տոկոս են կազմել նաև ռուսները ու ասորիները։ Հայկական ամենանշանավոր քաղաքը Ջուղան էր, որը 16-րդ դարում ուներ շուրջ 20,000 միայն հայկական բնակչություն։ Ագուլիսի և Ջուղայի վաճառականները 16-րդ դարում ռուսաց ցար Ալեքսեյ Միխայլովիչ Ռոմանովին են նվիրում Ալմաստե գահը, որը պահվում է Կրեմլի զինապալատում։ Ջուղան հայտնի էր իր խաչքարերով, իսկ Ագուլիսը՝ եկեղեցիներով։ Միայն Ագուլիսում 19-րդ դարում կար 11 հայկական եկեղեցի, որոնցից ամենահինը սբ. Մեսրոպ Մաշտոցն էր՝ կառուցված 456 թվականին։ Մինչև 20-րդ դարը այս քաղաքների բնակչության բացարձակ մեծամասնությունը հայեր էին։ 1918 թվականին թուրքական զորքերի արշավանքից հետո քաղաքները դատարկվում են, և տարիներ շարունակ անմարդաբնակ լինելով՝ 1930-ական թվականներին վերաբնակեցվում են ադրբեջանական մի քանի ընտանիքներով։

1921 թվականին, անտեսելով Նախիջևանի պատմաաշխարհագրական և էթնոքաղաքական օրգանական կապը Հայաստանի հետ, ռուս-թուրքական քաղաքական տվյալ պահի նպատակահարմարությունից ելնելով նախ Մոսկվայի, ապա՝ Կարսի պայմանագրերով Նախիջևանը՝ որպես ինքնավար հանրապետություն, բռնակցվում է Խորհրդային Ադրբեջանին։

Խորհրդային իշխանության գոյության 70 տարիների ընթացքում խորհրդային Ադրբեջանի ղեկավարությունը քողարկված կերպով վարել է հակահայկական քաղաքականություն՝ հիմված էթնիկ և կրոնական քաղաքականության վրա՝ նպաստելով երկրամասում հայկական բնակչության տեսակարար կշռի նվազմանը, հայկական մշակութային ժառանգության վերացմանը կամ յուրացմանը։ Այս գործընթացը աննախադեպ ծավալ ստացավ 1988-1992 թթ․, երբ կապված Ադրբեջանում պետական հայատյացության աննախադեպ արտահայտման հետ, Նախիջևանի հայությունը ստիպված եղավ բռնագաղթել, իսկ Նախիջևանի հայկական մշակութային ժառանգությունը թիրախավորվեց ադրբեջանական ջարդարարներ վարչախմբի կողմից։ Արդյունքում Հին Ջուղայի հայկական գերեզմանատան հազարավոր խաչքարեր և տապանաքարեր բարբարոսաբար ավերավեցին։